La Fortezza sorge su un colle tufaceo fortificato già in tempi antichi. Non ci sono più tracce visibili a seguito delle continue ricostruzioni effettuate nei secoli e sepolte definitivamente nel XVI sec quando il Forte fu eretto ex-novo dalle fondamenta.
Il Castrum Palianus nel 1232 fu cinto di un fossato e di alte mura e vi fu costruita un’altissima torre di avvistamento di forma quadrata.
Paliano, roccaforte della famiglia Colonna, nel XVI sec. organizza intorno alla torre baluardi adeguati alle artiglierie, fossati, mura, ponti levatoi, terrapieni; tutte queste opere trasformarono il Castro medievale in una imponente Fortezza invalicabile. Nell’appartamento principesco all’interno della fortezza vi sono due salette con volta affrescata a grottesche, medaglioni all’antica e decorazioni floreali.
Nella prima sala c’è una loggia con un affresco in cui è raffigurato il Palazzo Rospigliosi, oggi adibito a municipio di Zagarolo, feudo della famiglia Colonna; accanto vi sono due stemmi, la colonna della famiglia dominante e lo stemma degli Orsini. Nella sala del capitano, la più grande, c’è affrescata la marcia trionfale per la vittoria contro i Turchi durante la Battaglia di Lepanto del 1571.
La datazione risale al 1572-73, attribuito prima a Federico Zuccari e più recentemente a Triburzio Spannocchi, generale al servizio dei Colonnesi e a Paolo Veneziano da Tagliacozzo.
Nel 1844 la fortezza fu donata dai Colonna a Papa Gregorio XVI; fu adibita dopo lavori di adattamento a Casa Penale. Papa Pio IX vi fece costruire la caserma “Marcantonio Colonna” che ospitò le Milizie Pontificie prima e successivamente fino al 1928 i Granatieri Italiani.
Alla fine degli anni ’70 la Fortezza è stata trasformata in carcere di Massima Sicurezza e per questo sono state eseguite nuove opere adatte a tale funzione; innalzamento di alte pareti in cemento armato e nuovi edifici nelle corti interne. Tutto ciò ha fortemente alterato l’architettura originaria.
La Chiesa di Santa Maria in Arce è la cappella che si trova all’interno dell’attuale carcere di massima sicurezza in Paliano, una volta Fortezza della famiglia Colonna.
Marcantonio Colonna istituì questa cappella nel 1571 per celebrare le funzioni e confessare i soldati, all’interno del Forte.
Nel XVI secolo le sue rendite furono annesse ai beni della Collegiata di Sant’Andrea Apostolo, queste si ricavavano dai terreni, per il sostentamento del cappellano.
Nel suo interno, nel XVIII secolo risultavano esserci eleganti suppellettili.
Attualmente la struttura si trova in un locale che tra il XVII e XVIII secolo era il granaio della Fortezza; molteplici spostamenti che la riguardano sono avvenuti a causa delle diverse funzioni che nei secoli il castello ha avuto, come Fortezza inizialmente, e come struttura penitenziaria oggi.
Un quadro d’altare dipinto su lastra di ardesia, databile alla prima metà del XIX secolo, rappresenta la Madonna della Misericordia, la Vergine copre con il suo manto i condannati a morte incappucciati. Probabilmente fu donato dalla famiglia Colonna.